شناسایی اکوتیپ‌ها و گونه‌های مختلف مرزه با استفاده از بارکدینگ DNA

نوع مقاله : مقاله پژوهشی

نویسندگان

1 دانشجوی سابق کارشناسی ارشد

2 2. دانشیار گروه زراعت و اصلاح نباتات، نویسنده مسئول، دانشکده کشاورزی، دانشگاه ایلام

چکیده

گیاهان دارویی منابع ارزشمندی هستند که مورد توجه کشورهای در حال توسعه و پیشرفته قرار گرفته‌اند و به عنوان مواد اولیه جهت تبدیل به دارو‌های بی‌خطر برای انسان تلقی می‌شوند. روش بارکدینگ مولکولی ابزار قابل اعتمادی برای شناسایی گیاهان دارویی در سطح جنس و گونه است. در این تکنیک بخش کوچکی از ژنوم گیاه توالی‌یابی شده و برای شناسایی و تعیین ارتباط بین گونه‌های مختلف یک جنس استفاده می‌شود. در پژوهش حاضر 7 اکوتیپ از گیاه دارویی مرزه (S. horentiss, S. bakhtiari, S. biossier, S. mutica, S. bakhtiari) با استفاده از بارکدینگ DNA بررسی شد. DNA ژنومی به روش دویل و همکاران در سال 1397 در ازمایشگاه بیوتکنولوژی دانشگاه ایلام استخراج گردید و PCR با استفاده از آغازگر‌های اختصاصی برای ژن‌های matk، rbcL و ITS انجام شد. پس از خالص سازی محصولات PCR مشخص شد که از ژن های مورد بررسی فقط ژن matk کیفیت مناسبی جهت تفکیک نمونه را نشان داد. همچنین نتایج جستجوی نوکلئوتیدی نشان داد که شباهت بسیار بالایی (بیش از 96 درصد) بین توالی‌های بدست آمده و توالی‌های پایگاه NCBI وجود دارد. تجزیه خوشه‌ای با روش UPGMA ژن matk نشان داد که نمونه های S. biossier و S. bakhtiarica ایلام و گیلان به همراه نمونه s. hortensis بیرجند و یزد در یک گروه قرار گرفتند و نمونه های s. bakhtiari یزد و s. mutica خراسان در گروه دوم قرار گرفتند .

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

Identification of ecotypes and different species of savory (satureja spp) using DNA barcoding

نویسندگان [English]

  • Tahereh Peiri 1
  • arash fazeli 2
1 master of science
2 ش2- Associate Professor, Department of agronomy and plant breeding, Faculty of Agriculture, Ilam University, Ilam
چکیده [English]

Medicinal plants are valuable resources that have been considered by developing and developed countries considered as raw materials to become safe drugs for humans. Molecular DNA barcoding method is a reliable tool for identifying medicinal plants at the genus and species level. In this technique, a small part of the plant genome is sequenced and used to identify and determine the relationship between different species of a genus. In the present study, 7 ecotypes of savory (S. horentiss, S. bakhtiari, S. biossier, S. mutica, S. bakhtiari) were investigated using DNA barcoding. Genomic DNA was extracted by Doyle et al.'s method in the biotechnology laboratory of Ilam University in 1397 and PCR was performed using specific primers for matk, rbcL and ITS genes. After purification of PCR products, it was found that of the studied genes, only matk gene showed good quality for sample separation. Also, nucleotide search results showed that there is a very high similarity (more than 96%) between the obtained sequences and the sequences on the NCBI database. Cluster analysis based on UPGMA method of matk gene showed that the samples of S. biossier and S. bakhtiarica of Ilam and Gilan along with the sample of s. hortensis Birjand and Yazd were in the same group and samples of s. bakhtiari Yazd and s. Khorasan mutica were in the second group.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Key words: satureja L
  • medicinal plant
  • DNA barcoding
  • sequencing
  • تاریخ دریافت: 10 مهر 1400
  • تاریخ بازنگری: 16 دی 1400
  • تاریخ پذیرش: 09 بهمن 1400
  • تاریخ اولین انتشار: 01 فروردین 1401